《通知》指出，要严防非法码头现象反弹，依法打击违法利用港口岸线行为。加大非法码头治理和整改力度，严防未批先建、占而不用、多占少用港口岸线现象反弹。未取得港口岸线许可或超出许可规模和范围建设的码头设施，当地港口行政管理部门要对业主进行约谈，责令限期改正，并依法进行行政处罚或行政强制，行政处罚决定书或行政强制决定书应纳入本级或上一级相关信用管理平台。对于长江干线非法码头、非法采砂专项整治工作后出现新的违法利用岸线行为，当地港口行政管理部门和发展改革部门要坚决查处、严肃整改，并将有关情况报交通运输部和国家发展改革委。

《通知》强调，要优化已有港口岸线使用效率，加强规范提升老码头使用效率。现有码头泊位等级和岸线利用效率偏低，或影响所在区域港口岸线整体高效利用的，要加快升级改造或退出。未办理港口岸线使用审批手续的老码头，属2004年《中华人民共和国港口法》实施前已建成投产的，如符合港口规划且满足安全、环保和港口经营管理等要求，无需补办岸线使用审批手续；属2004年至2012年《港口岸线使用审批管理办法》实施前建成投产的，如符合港口规划，可由省级交通运输管理部门统一组织评估，按程序补办港口岸线使用审批手续。

此外，《通知》还要求严格管控新增港口岸线，严控港口岸线总规模，严控工矿企业自备码头岸线。工矿企业应利用公用码头保障能源原材料和产品运输。从严控制因生产工艺等特殊需要之外的新建工矿企业自备码头岸线。鼓励运输需求大的工矿企业与港口物流企业合资合作，建设面向社会服务的专业化公用码头设施。